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由于各种因素制约以及历史局限性影响，我国高新区在发展中出现了科技创新能力不足、产业趋同、互相渗透、重复建设等问题。在“二次创业”中我国高新区应该以信息技术应用为主导，推进高新技术产业走新型工业化道路；促进高技术产业与资本市场结合，加速高新技术产业跨越式发展；鼓励自主创新和技术合作，加速高新技术产业创新“内生化”，同时以主导产业为主，促进产业集聚和高新技术产业结构优化。
