秸秆综合利用方式有待多样化，秸秆收集储运和资源化利用技术尚在探索中。2015年，全县农作物秸秆年产总量约为22万吨，主要农作物秸秆（稻、麦秸秆）综合利用率为86%。其中机械化还田是秸秆利用的主渠道，2015年完成秸秆还田39万亩次。目前全岛南部地区农业耕种土地被村落分割，大型农业机械设备难以有效利用，秸秆还田效率和质量受到一定影响。由于适合崇明实际情况的秸秆收集储运体系尚未建立，其他秸秆综合利用途径如饲料化、肥料化等利用率不高，利用技术和商业运行模式尚在探索中。
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